| 登録選手 2006/ 育成選手 |
| ※ | 異動欄: ○印→新入団、▼印→支配下選手登録からの異動 |
| 選手の年齢は2006年4月1日時点の満年齢 |
| 異動 | 位置 | No | 氏 名 | 投打 | 年齢 | 登録年数 | 年俸 | 異動情報 | ||||
| 育成 | 選手 | |||||||||||
| 中日 | ○ | 投手 | 200 | ペレイラ | 外 | 左左 | 23 | 1 | 400 | 2006.08 戦力外 | ||
| ○ | 投手 | 201 | 加藤 光教 | 右右 | 23 | 1 | 400 | 育成ドラフト 2位 | ||||
| ○ | 内野 | 202 | 竹下 哲史 | 右右 | 22 | 1 | 300 | 育成ドラフト 1位 | ||||
| 巨人 | ▼ | 投手 | 100 | 平岡 政樹 | 右左 | 20 | 1 | 2 | 350 | 2003年入団 | 2006.10 戦力外 | |
| ▼ | 捕手 | 101 | 横川 雄介 | 右右 | 21 | 1 | 3 | 350 | 2002年入団 | 2006.10 戦力外 | ||
| ○ | 投手 | 102 | 山口 鉄也 | 左左 | 22 | 1 | 240 | 育成ドラフト 1位 | ||||
| ○ | 内野 | 103 | 安 旭 | 外 | 右右 | 18 | 1 | 240 | 2006.10 戦力外 | |||
| ○ | 内野 | 104 | 崔 暁 | 外 | 右右 | 17 | 1 | 240 | 2006.10 戦力外 | |||
| ○ | 投手 | 105 | 呉 猛 | 外 | 左左 | 21 | 1 | 240 | 2006.05.10 育成登録 | 2006.12 退団(中国・北京タイガースに復帰) | ||
| ○ | 投手 | 106 | 林 イー豪 | 外 | 右右 | 15 | 1 | 240 | 2006.09.25 育成登録 | |||
| 広島 | ○ | 内野 | 128 | 中谷 翼 | 右左 | 21 | 1 | 350 | 育成ドラフト 1位 | |||
| ソフトバンク | ○ | 外野 | 121 | 小斉 祐輔 | 右左 | 22 | 1 | 240 | 育成ドラフト 1位 | 2006.05.24 支配下選手登録 | ||
| ○ | 投手 | 122 | 西山 道隆 | 右右 | 26 | 1 | 240 | 育成ドラフト 2位 | 2006.05.24 支配下選手登録 | |||
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